Molekulare Diagnostik

Die Molekulare Diagnostik bietet die Untersuchung auf alle bei hämatologischen Neoplasien relevanten genetischen Aberrationen an und den Nachweis bestimmter hereditärer Thrombophilien. Sie ist ein wesentlicher Baustein für die Diagnosestellung und Klassifikation hämatologischer Neoplasien, die Abschätzung ihrer Prognose und die Differenzierung der Therapie. Eine MRD-Diagnostik erlaubt daneben das Monitoring von Krankheitsverläufen und, falls erforderlich, die frühzeitige Anpassung der Therapiestrategie.

Das Labor nimmt regelmässig an Ringversuchen teil und steht im Austausch mit anderen europäischen Zentren. Pro Jahr werden aktuell über 3500 Proben molekulargenetisch untersucht. Spektrum und Methodik der Analysen werden kontinuierlich modernisiert und erweitert.

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Methodik

Die real time PCR ist eine Methode zur Amplifikation und Detektion von PCR-Produkten. Bei dieser Methode sind nebst den spezifischen Primern auch Fluoreszenz-markierte Sonden im Reaktionsansatz enthalten, welche während der laufenden PCR hybridisiert werden und so mit dem ständig vermehrenden Amplifikationsprodukt zu einem Fluoreszenzinstensitätsanstieg führt. Es zeigt sich somit nicht eine Endpunktmessung sondern es wird während der logarithmischen Vermehrung der PCR Produkte gemessen (real time). Der Punkt, entsprechend einem PCR-Zyklus, bei welchem eine über dem Hintergrundrauschen liegende Fluoreszenz detektiert werden kann, korreliert mit der Anzahl nachweisbaren Molekülen im Untersuchungsmaterial und kann so, nach in Relation Setzung mit einem konstant vorliegendem Gene (Housekeeping Gene), anhand der Fluoreszenzstärke eine Angabe bezüglich Anzahl erkrankter Zellen im Ausgangsmaterial gemacht werden und erlaubt somit eine Quantifizierung und Beurteilung eines Krankheitsverlaufes. Die hierzu verwendeten Detektionsgeräte sind mit speziellen optischen Einheiten ausgestattet, erlauben aber auch die Durchführung von normalen PCR-Produkten.

Seit 2018 bieten wir zusätzlich Analysen mittels ddPCR, genannt Droplet Digital PCR. Dies ist ein PCR Verfahren, das auf der Wasser-Öl-Emulsionstropfen-Technologie basiert. Eine Probe wird in 20.000 Tröpfchen fraktioniert, und die PCR-Amplifikation der Template-Moleküle findet in jedem einzelnen Tröpfchen statt. Die ddPCR-Technologie verwendet Reagenzien und Arbeitsabläufe, die denen der meisten Standard-TaqMan-Sonden-basierten Assays ähnlich sind. Die massive Sample-Partitionierung ist ein wesentlicher Aspekt der ddPCR-Technik. Diese Aufteilung ermöglicht die Messung von Tausenden von unabhängigen Amplifikationen innerhalb einer einzigen Probe. Diese Methode erlaubt eine absolute Quantifizierung - sie liefert eine absolute Anzahl von Ziel-DNA-Kopien pro Eingangsprobe, ohne dass Standardkurven ausgeführt werden müssen, was diese Technik ideal für Messungen der Ziel-DNA macht und sich für MRD Messungen eignet.

Wir sind laufend daran unsere Methoden zu erweitern und bieten seit 2017 routinemässig auch die Mutationsanalyse mittels Next Generation Sequencing an und bauen unsere PCR Analyse mit digitaler PCR im stetig weiter aus.

Untersuchungsmaterial

Zur Analyse mittels PCR wird Vollblut oder Knochenmark in EDTA verwendet. Für die Analyse aus Knochenmark wird opitmalerweise 1ml, für Vollblut 30ml eingesandt.

Angebotene Analysen (Routine)
  • BCR-ABL t(9;22) qualitativ
  • BCR-ABL t(9;22) quantitativ
  • CBFB-MYH11 Typ A, D und E quantitativ
  • EVI
  • FLT3-ITD inkl. Ratio, in Zusammenarbeit mit der Molekularpathologie im Hause
  • HemaVision
  • JAK2-V617F qualitativ
  • JAK2-V617F quantitativ
  • MPL W515K
  • MPL W515L
  • NPM1 A, B und D Mutationsbestimmung quantitativ
  • PML-RARA (bcr1, bcr2, bcr3) quantitativ
  • RUNX1-RUNX1T1 quantitativ
  • IDH1 p.R132C, p.R132H quantitativ
  • IDH2 p.R140Q, p.R172K quantitativ
  • MYD88 L265P quantitativ
  • BRAF V600E quantitativ
  • KIT D816V quantitativ

Gerinnung:
Faktor V Leiden R506Q
Prothrombin G20210A

Genauere Angaben bezüglich der Präanalytik und die Analysen selbst sind unter anschliessendem Link im UZL Analysen-Auskunftssystem nachlesbar. UZL Analysen-Auskunftssystem

Nacht Rücksprache sind spezielle Analysen zusätzlich möglich.

Next Generation Sequencing

Seit 2017 bieten wir in Zusammenarbeit mit der Klinik für Pathologie des USZ die nächste Generation der DNA-Sequenzierungstechnologie (NGS) für myeloische Neoplasien an. Mittels NGS kann innerhalb kurzer Zeit effizient verschiedene genetische Varianten erfasst werden. Bis Mitte 2019 wurde das Illumina® TruSight® Myeloid Sequencing Panel verwendet, ab Juli 2019 erfolgt die NGS Analyse mittels Archer® VariantPlex® Myeloid Panel. 

Methodik:
Mittels Verwendung des Archer Panel wird 50ng DNA, nach erstellen einer sogenannten Probenlibrary (Oligonukleotiden) die Analyse auf spezifischen Sequenziergeräten vollautomatisch für die 75 häufigsten mit hämatologischen Neoplasien assoziierten Genen durchgeführt. Das anschliessende Alignment der Amplicons erfolgt mittels BaseSpace® (Detailinformation). Durch anschliessende Interpretation mittels VariantStudio und genauem Abgleich mit der bekannten Datenbanken für Mutationsanalysen erfolgt die abschliessende Befunderstellung.

Seit 2018 wird diese Methode von Tarmed vergütet und kann somit via Krankenkassen abgerechnet werden.

Wir bitten um Zusendung von Vollblut oder Knochenmark in EDTA. Eine Analyse aus Knochenmarkbiopsien ist bei Bedarf nach Rücksprache ebenfalls möglich.

Ansprechpersonen:

Technische Auskunft:                                               Klinische Auskunft:

Zimmermann.tif                                         Balabnov.tif

Dr.sc. ETH Kathrin Zimmermann                           PD Dr. Dr. Stefan Balabanov
St.v. Dr.sc. ETH Christine Weller                           Stv. Dr. med. Corinne Widmer

Wissenschaftliche Mitarbeiterin                                 
Tel. 043 253 93 80                                                    Tel. 044 255 12 93
katrhin.zimmermann@usz.ch                                    stefan.balabanov@usz.ch 
                                                                                   corinne.widmer @usz.ch

Ansprechpersonen

 Widmer.tif                           Balabnov.tif

Dr. med. Corinne Widmer                          PD Dr. Dr. Stefan Balabanov
Tel 044 255 41 45                                        Tel. 044 255 12 93
corinne.widmer@usz.ch                               stefan.balabanov@usz.ch

 

Yvonne Fuhrer                                            Nadja Tortorelli
Fachverantwortliche BMA                            Stv. Fachverantwortliche BMA
Tel. 044 255 28 43                                       Tel. 044 255 28 43
yvonne.fuhrer@usz.ch                                 nadja.tortorelli@usz.ch


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